Metafysikk
Som man forstår av det ovenstående var Descartes overbevist om Guds eksistens, og dette er et viktig punkt i hans metafysikk. Han beviste Guds eksistens på følgende måte: Descartes selv var i stand til å ha en forestilling om noe fullkomment. Denne forestillingen, mente han, måtte ha sitt opphav i noe som er fullkomment. Siden Descartes selv ikke var fullkommen, og siden heller ikke verden er fullkommen, må det eksistere noe fullkomment som verken er menneske eller verden omkring - dette må være Gud. Derfor må Gud eksistere.
Dette gudsbeviset har som en forutsetning at det er en slags ekvivalens mellom årsak og virkning - en forestilling om noe fullkomment må ha en fullkommen årsak. Descartes selv var av den oppfatning at dette resonnementet er holdbart, og denne overbevisningen var viktig for hans videre arbeid.
Et annet hovedpunkt i Descartes’ filosofi er hans metafysiske dualisme. Ifølge Descartes er det et skarpt skille mellom to grunnleggende, totalt forskjellige prinsipper i tilværelsen. Disse grunnprinsipper, hos Descartes kalt «substanser», er res extensa (det som har utstrekning) og res cogitans (det som tenker). Alt som eksisterer er enten det ene eller det andre. Men Descartes mente at det også finnes en tredje, uendelig substans - Gud. Denne uendelige substansen har skapt de to andre.
Alt vi sanser omkring oss har utstrekning og er derfor deler av res extensa. Men omkring oss finnes det også mennesker, og siden mennesket er i stand til å tenke må res cogitans finnes i alle mennesker. Slik begrunnet Descartes at mennesker består av både legeme og sjel. Sjelen er fri og styres av fornuften, mens kroppen fullt ut er årsaksbestemt av de fysiske lover.
Hvordan er sammenhengen mellom kropp og sjel? Hvordan kan sjelen, som er immateriell, påvirke kroppen, som er materiell? At dette skjer var Descartes ikke i tvil om - vi opplever sansefornemmelser, disse påvirker våre følelser og sjelen får deretter kroppen til å reagere; vi kan f.eks. skjelve av frykt eller danse av glede. Den direkte påvirkning skjer ifølge Descartes via en kjertel, glandula pinealis (konglekjertelen), som befinner seg på hjernens underside.
Alt som finnes i utstrekningens verden - res extensa - dvs. alle ting, er fullstendig årsaksbestemt av de fysiske lover. Dette ville også ha vært tilfelle med mennesket dersom mennesket ikke også hadde tatt del i res cogitans. Grunnen til at mennesket har følelser er at mennesket har sjel, hvilket det har fordi mennesket er en del av res cogitans. Ifølge Descartes medfører dette at dyr ikke har følelser, de er kun avanserte maskiner. At f.eks. en sau flykter når den ser en ulv betyr ikke at sauen føler frykt eller redsel, men kun at sauen er programmert til å reagere på denne måten. Alle aspekter ved dyrs adferd er ifølge Descartes kun uttrykk for mekaniske prosesser. Dersom man hevder at dyr har følelser, ved f.eks. å hevde at de kan føle frykt, glede eller smerte, gjør man ifølge Descartes den feil det er å tillegge ting menneskelige egenskaper.
At mennesket har fri vilje var ifølge Descartes selvinnlysende, og han ga uttrykk for dette på denne måten: «Det er så opplagt at vi har fri vilje at . . . dette må regnes som en av de første og vanligste ting vi opplever ved å se inn i oss selv.» (Jones III, s.180.)
