Thomas (1225-1275) ble født i Aquino, en by like ved Napoli. Han var opptatt av å forene Aristoteles‘ filosofi med kirkens lære. Aristoteles’ filosofi var helt ukjent i Europa frem til 1000-tallet, men på denne tiden begynte Aristoteles å bli kjent på grunn av økende kontakt med arabisk kultur, hvor aristoteliske idéer var utbredt.
Etterhvert som innholdet i Aristoteles’ verker ble kjent for kirken, ble det klart at disse inneholdt et kraftig angrep på alt kirken stod for når det gjaldt metafysikk, epistemologi og etikk. Kirken hevdet at det finnes to virkeligheter, Aristoteles hevdet at det kun er en; kirken hevdet at man kan oppnå kunnskap ved å tro, Aristoteles hevdet at kun fornuften gir kunnskap; kirken hevdet at man skal være ydmyk og altruistisk, Aristoteles hevdet at man skal realisere sine evner, leve et godt liv på jorden og være stolt av det man greier å oppnå. Denne motsetningen førte først til at kirken forsøkte å forby Aristoteles’ verker. Et slikt forbud var det ikke mulig å opprettholde, og kirkens fremste tenkere forsøkte derfor å integrere aristotelisk filosofi med kristendommen. Den som gjorde det beste forsøket på dette var Thomas Aquinas.
Den fremste Aristoteles-kjenneren før Thomas var Averroes (1126-1189). Han hevdet at det finnes to typer sannheter: filosofiske sannheter (som inkluderer videnskapelige sannheter) og religiøse sannheter. Siden det kan forekomme at disse to typene sannheter ikke er i overensstemmelse med hverandre, må man iblant foreta et valg. I slike tilfeller må en god troende alltid velge den religiøse sannhet. (Vi skriver «troende», Averroes var ikke kristen, han var muslim.)
Thomas kunne ikke si seg enig med Averroes i dette, han mente at det ikke kan være noen motsetning mellom tro og fornuft.
Det viktigste element i kristendommen – troen på Guds eksistens – hadde man tidligere bare godtatt, det var ingen som hadde krevet noen begrunnelse. Thomas trodde også på Guds eksistens, men han var ikke fornøyd med bare å tro, han ville ha bevis! Han la ned et stort arbeide på dette området, og mente selv at han hadde klart å bevise Guds eksistens. Med utgangspunkt i den sansbare virkelighet og bruk av logiske metoder formulerte han fem bevis for Guds eksistens. (De var dog ikke originale med Thomas.)
Det er idag ingen uenighet om at disse bevisene er uholdbare, men poenget i denne sammenhengen er at Thomas brukte fornuften som metode. At han begikk feil i bruken av den er en annen sak. Thomas mente at troen har sin rettmessige plass bare på de områder hvor fornuften tier. Han mente at på enkelte områder gir ikke fornuften noe svar, og på disse – og kun på disse – skal man bruke tro. (F.eks. hevdet Thomas at fornuften ikke kan si noe om hvordan universet ble skapt, og derfor kan man tro på den fremstilling som står i Bibelen.)
Av dette følger at fornuft og tro er begge fullt ut brukbare, men på ulike områder. (Det finnes områder hvor begge metoder ifølge Thomas gir samme svar, f.eks. mente han som nevnt at man kan bevise Guds eksistens.) Men det kan ikke være noen motsigelse mellom tro og fornuft, fornuften må være absolutt, troen skal kun være et supplement til fornuften.
Thomas hevdet, som Aristoteles, at det kun er en virkelighet, men den består til gjengjeld av to deler, en materiell del og en åndelig del. Den materielle del består av døde ting, planter og dyr, mens den åndelige delen består av engler og Gud. Mennesket har både en åndelig og en materiell del; mennesket er derfor det leddet som binder de to delene av virkeligheten sammen.
Dette synet medfører at det ikke lenger er nødvendig å betrakte denne verden vi lever i som noe mindreverdig, slik kirken hadde gjort. Følgelig finnes det også to sett med dyder. For det første finnes de naturlige dyder, som er viktige for å leve et godt liv i denne verden: bruk fornuften, arbeid med å utvikle deg selv, lev et godt liv. For det annet finnes de åndelige dyder, disse er nødvendige for å forberede seg til livet etter døden: tro, håp, altruisme.
Det er Thomas som skal ha æren for at fornuften – og andre av Aristoteles’ fundamentale prinsipper – igjen ble anerkjent i Europa. Thomas la så stor vekt på fornuften at han til og med hevdet at dersom man med fornuften kom frem til at Gud ikke eksisterer, er man forpliktet til å leve i overensstemmelse med dette! Gud har skapt fornuften, og da må det være Guds vilje at man også adlyder den.
Thomas’ innsats førte til at Aristoteles’ idéer ble gjenstand for fornyet oppmerksomhet, både innenfor og utenfor kirken, men man kan knapt si at kirken heretter kun baserte seg på rasjonelle metoder. Med Thomas fikk vi derfor også et skille mellom filosofi og teologi. I de århundrer som var gått siden kristendommen begynte å dominere i Vesten, var filosofi kun betraktet som en del av teologien. Etter Thomas hadde filosofi og teologi hvert sitt felt å arbeide med, og dette førte til en voldsom økning i den filosofiske aktivitet.
Forsøkene på å systematisere og forklare kristendommen ved hjelp av logikk og fornuft ble raskt en egen videnskap. Denne videnskapen fikk navnet skolastikk. Dette ordet brukes også i andre sammenhenger, og er da synonymt med rasjonalisme.