Den organiserte kirken fjernet seg etterhvert mer og mer fra det som hadde vært Jesu og kristendommens opprinnelige budskap. Den ble materielt velstående, den ble mer opptatt av maktpolitikk, den ble korrupt, den solgte avlat og relikvier osv. Mange innen kirken reagerte på dette – en av dem var den tyske presten Martin Luther (1483-1546).
Hans opprør førte til at det ble dannet en helt ny kirke, den protestantiske kirke. Luthers forståelse av kristendommen inneholder endel momenter som bør nevnes her.
Hans teologi er i samsvar med Augustins oppfatning om at alle mennesker er syndere og at alle fortjener evig fortapelse – uansett hva vi måtte gjøre av gode gjerninger i dette livet. Det er Guds nåde som frelser, og intet annet. Vi må bare tro, og siden Gud er nådig, vil han frelse noen av oss. Men det er intet vi selv kan gjøre for å påvirke Gud, verken fra eller til. Heller ikke er det nødvendig med en offisiell kirke som et mellomledd mellom Gud og det enkelte menneske, slik den katolske kirke hevdet; hvert menneske må tro som han selv finner det riktig. (Dette førte snart til en kolossal oppblomstring av et utall forskjellige kristne sekter.)
Luther var også fiendtlig innstilt mot fornuften: «Den som vil være en god kristen, han må fornekte sin fornuft.» (Peikoff, s.41.) «Den største faren på jorden er et menneske med en rikt utstyrt fornuft. Fornuften må lures, blindes og ødelegges.» (Peikoff, s.145.)
Heller ikke Luthers politiske syn er til å misforstå. Det er en kristen dyd å adlyde staten, sier han. « . . . vi må finne oss i herskerens autoritet. Hvis han misbruker sin autoritet, må vi ikke hate ham eller søke hevn. Vi må adlyde, for dette er Guds ønske, siden herskeren er Guds representant. Uansett hvordan herskeren styrer, må vi finne oss i det med tålmodighet.» (Peikoff, s.42.)